Meczet Menüçer jest najprawdopodobniej pierwszym meczetem zbudowanym przez Turków seldżuckich w Anatolii. Powiada się, że został on wzniesiony przez emira zwanego Minuchihr, pierwszego władcy z dynastii Shaddadidów, która rządziła Ani od około 1072 roku. Jednak faktyczna data konstrukcji i pochodzenie tej budowli wciąż budzą wiele kontrowersji. Z pewnością jednak uwagę zwraca jej lokalizacja, na skraju wąwozu z widokiem na Arpa Çay, czyli na rzekę Akhurian.

Niektórzy uczeni, głównie pochodzenia ormiańskiego, twierdzą, że budowla powstała jeszcze przed podbojem tureckim, gdyż początkowo był to pałac z epoki Bagratydów. Dopiero później przekształcony został on w meczet. Z drugiej strony inni uczeni, głównie tureccy, utrzymują, że cała budowla miała być pierwotnie meczetem, wzniesionym tuż po podboju Ani przez Turków. To uczyniłoby meczet Menüçer najwcześniejszym istniejącym tureckim meczetem w Anatolii. Wreszcie jeszcze inni eksperci twierdzą, że nawet jeśli budynek wzniesiono jako meczet, stało się to w późniejszych czasach, prawdopodobnie w XII lub XIII wieku, jak sugeruje jego styl architektoniczny.

Najprawdopodobniej najstarszą zachowaną częścią budynku jest nienaruszony minaret, stojący w północno-zachodnim narożniku meczetu. Wysoko na północnej ścianie widnieje arabskie słowo Bismillah („W imię Boga”) zapisane literami kufickimi. Minaret zbudowano na planie ośmioboku. Strome kręcone schody prowadzą w kierunku przeciwnym do ruchu wskazówek zegara wokół centralnego filaru na szczyt minaretu. Jednak ze względów bezpieczeństwa wspinanie się na minaret jest zabronione.

Co ciekawe, budynek meczetu nie jest zorientowany w normalnym kierunku dla tego typu budowli, czyli w stronę Mekki, ale jest odchylony od niego o około 20 stopni. Sugerowałoby to, że przynajmniej fundamenty wcześniejszej budowli zostały ponownie wykorzystane podczas jego budowy.

Prostokątna budowla meczetu, o wymiarach 18,5 na 15,7 metra, reprezentuje ciekawe połączenie stylów architektonicznych: ormiańskiego i seldżuckiego. Prawdopodobnie wynikało to z zatrudniania przez Seldżuków ormiańskich architektów i kamieniarzy. Cechą charakterystyczną meczetu są dwukolorowe ściany z czerwonego i czarnego kamienia.

Wejście do meczetu znajduje się na północnym krańcu zachodniej fasady. Wewnątrz znajduje się prostokątna sala modlitewna, której dach wsparty był pierwotnie na sześciu kolumnach. Podzieliły wnętrze na jedenaście sekcji, ale obecnie istnieje tylko sześć z nich. Oświetlenie sali zapewniały pięć dużych okien.

Obok meczetu znajdują się pozostałości budynku, który mógł być medresą lub pałacem. W pobliżu znajduje się także teren niedawno odkopany przez archeologów, na którym znaleziono pozostałości domów, spichlerza i łaźni.

W 1906 roku meczet został częściowo wyremontowany, a w czerwcu 2020 roku rozpoczęto kolejną renowację budynku.